ในยุคสมัยเฮอัง ตระกูลฟูจิวาระสายฮกเกะ สืบทอดอำนาจต่อมา โดยได้รับตำแหน่งเป็น เซ็สโช (ผู้สำเร็จราชการเมื่อจักรพรรดิทรงพระเยาว์) คัมปากุ (ผู้สำเร็จราชการเมื่อจักรพรรดิทรงเจริญพระชนมพรรษาแล้ว) สมาชิกตระกูลฟูจิวาระผูกขาดสองตำแหน่งนี้ตลอดยุคเฮอัง เชื้อสายของฟูจิวาระถูกจับให้อภิเษกสมรสกับ จักรพรรดิ ส่งผลให้จักรพรรดิส่วนใหญ่ในสมัยเฮอัง เป็นเชื้อสายของตระกูลฟูจิวาระ ส่งผลให้อำนาจของตระกูลนี้มากขึ้นเรื่อย ๆ จนแทบจะเป็นผู้ปกครองประเทศ โชเอ็งแทบทั้งหมดเป็นของตระกูลฟูจิวาระ อย่างไรก็ตามอำนาจของตระกูลฟูจิวาระเสื่อมลงเมื่อมีตระกูลซามูไร เข้ามามีอำนาจจนกระทั่ง มินาโมโตะ โยริโตโมะ สถาปนาตนเองเป็นโชกุนแห่งคามากูระ ส่งผลให้อำนาจของราชสำนักและตระกูลฟูจิวาระลดลงไป อย่างไรก็ตามตระกูลฟูจิวาระยังคงสืบทอดตำแหน่งต่อไป และมีเชื้อสายกับจักรพรรดิอยู่